管理工程系前身是管理工程专业科，2002年8月学院升格后，相应成立了管理工程系，是学院的主要教学系部之一。目前在校生1189人，拥有一支老中青相结合，以中青年教师为主的实力雄厚的师资队伍，专兼职教师共计69人，其中专任教师46人（高级职称15人），专任教师中双师型教师36人，占78.26%，主要来自企业和行业的兼职教师23人（高级职称8人），师资队伍中的高级职称比例达到33.33%，28名青年教师中具有研究生学历或硕士学位15人，占53.5%。
    管理工程系始终坚持以培养生产、建设、服务与管理一线的技能型人才为目标，坚持高职教育的办学模式和方向，注重对学生综合素质、实践动手能力和敬业、创业精神的培养。全系各专业的设置充分考虑了西南出海大通道的地理优势，紧紧围绕广西经济建设主战场，与广西综合交通运输体系构建过程中的人才结构和人才需求相适应，具有比较科学的前瞻性。目前开设的专业有：物流管理、人力资源管理、会计、公路运输与管理、报关与国际货运、集装箱运输管理（2007年新增）等6个专业。为培养名符其实的高等职业技术人才，管理工程系在校内建立了2个校内实训中心,与校外企业合作，建立了稳定的实习基地。学生通过实训和实习，不仅将所学理论与实际紧密相联，学习到了职业岗位上有用的先进技术和管理方法，而且得到了很好的职业素质和职业道德的训导。这些学生走向工作岗位后，有的不久就获得用人单位的认可和重用，有的还走向了领导岗位，而大多数则以动手能力强、好用、管用深受企业欢迎。他们在不同工作岗位上，向社会展示了广西交通职业技术学院高等职业教育管理人才的独特魅力。
    管理工程系始终坚持走产、学、研相结合的可持续发展的道路，并积极探索工学结合教学模式。全系教师积极参与教学研究、教学改革和科研开发，近两年先后在国家、省、市等刊物发表论文50余篇，25名教师参与相关专业教材主编及参编，2名教师为国家教育部下设专业指导委员会委员，主持或参与了8项省市级教科研项目，获广西首届现代教育技术应用大赛三等奖、优秀奖各一项，《供应链管理》课程被评为自治区级精品课程，五门课程被评为院级精品课程。物流管理专业获广西教育厅高等职业教育优质专业称号。
    管理工程系在学院大力支持下，先后投资了200多万元教学实训设备，建设了商务管理模拟实训中心和物流管理实训中心，其中商务管理模拟实训中心下设有“企业管理综合实训室”、“商务管理模拟实训室”、“会计（手工）模拟实训室”、“会计电算化实训室”，物流管理实训中心下设有“国际贸易实训室”、“物流配送实训室”。二个实训中心承担了全自动立体仓库出入库管理实训、条形码信息读取和条形码制作实训、库存控制管理和设计实训、堆垛机的控制与操作实训、电子标签辅助分拣实训、企业管理模拟实训、电子商务模拟实训、物流管理模拟实训、物流配送实训、网页制作实训、网络营销实训、计算机网络应用实训、国际贸易实训、会计业务流程操作实训和会计电算化实训等教学任务。
    管理工程系积极开展职业技能培训，主要开展有物流师、经营师、电子商务师、人力资源管理师、报关员、国际货代员、统计从业资格、会计从业资格的培训工作。